Во время Карибского кризиса осенью 1962 года, когда мир оказался на грани ракетно-ядерного конфликта, католик Франко (как и католик Кеннеди) прислушался к предостережению нового главы римско-католической церкви папы Иоанна XXIII. Он осознал всю неотвратимость возмездия, которое настигло бы американских агрессоров в случае развязывания ими войны.

Генерал Франко Сальгадо-Араухо рассказывает, что, беседуя 8 ноября 1962 г. с каудильо, он спросил его, не было бы лучше, если бы американцы высадились на Кубе. Тот ответил: - Подобный шаг оказался был провокацией. С таким же основанием русские могли бы поступить аналогичным образом, введя свои войска в Турцию, поскольку там имеются американские базы.

И впоследствии каудильо старался избегать слепого подчинения заокеанскому лидеру в вопросах взаимоотношений с Кубой и другими латиноамериканскими странами. В феврале 1963 года президент США утвердил директиву, которая запрещала оказывать помощь любому государству, если оно в течение двух месяцев не прекратит доставку товаров на Кубу и с Кубы на своих транспортных средствах. Испанское правительство просило Вашингтон не распространять эти меры на торговлю между Кубой и Испанией, однако госдепартамент США | эту просьбу отклонил.

Несмотря на давление Вашингтона, торгово-экономические связи между Испанией и Кубой прекращены не были. В 1965 году испанское правительство пошло на подписание крупного торгового соглашения с Кубой, а еще раньше, в январе 1964 года, выступило в поддержку требования Панамы пересмотреть условия соглашения о Панамском канале. Официальные власти Мадрида не скрывали своего раздражения вооруженной интервенцией США против Доминиканской Республики в 1965 году. Будучи заинтересованы в сохранении своих военных баз в Испании, американцы не решились привести механизм «санкций» против Мадрида в действие и смирились с неуступчивостью Франко.