Оперу отвергли. Мусоргский, собственно говоря, был подготовлен к такому исходу дела, так как еще в первой половине июля 1870 года директор императорских театров А. Гедеонов «предварил» его, «что ставить нового они ничего в этом году не могут». Тем не менее отказ этот композитор воспринял как тяжелый удар. Перенести горе помогло то, что решение дирекции императорских театров казалось не окончательным. Это позволяла предположить и формулировка Гедеонова («в этом году»), и то, что официальным предлогом, по которому оперный комитет отклонил оперу, было отсутствие в ней «женского элемента». Значит, оставалась надежда, что если в опере появятся развернутые женские партии, то она будет принята. И композитор возвращается к отброшенным было материалам своей оперы и с новым жаром берется за ее пересочинение. 

Корчмарка получает свою знаменитую песню «Поймала я сиза селезня», возникает сцена в уборной Марины Мнишек, заново создается сцепа в царском тереме, пишется вторая польская картина... Но Мусоргский не просто расширяет в «Борисе» имевшиеся уже там партии для женского голоса, не просто вводит в оперу новую, широко развитую партию Марины Мнишек, а создает по существу новую концепцию произведения. Вот он - результат размышления, к которому призывал композитора Стасов!

Образ Самозванца, ранее появлявшийся только в сцене у Пимена и картине Корчмы, теперь проходит yie-рез всю оперу, он показывается в тесной связи с иностранными интервентами и иезуитской церковью. Таким образом возникает новая сила, противостоящая не только Борису, по и русскому народу. Вместе с этим в произведение проникает тема борьбы за русскую государственность, столь характерная для русской классической оперы («Иван Сусанин», «Псковитянка», «Князь Игорь», «Китеж»).