Таким образом в театре возник некий третий «Борис», сильно отличавшийся от того подлинного, который вышел из-под вдохновенного пера композитора. Но хуже всего было то, что на титульном листе клавира оперы, выпущенного петербургским нотоиздателем В. Бесселем, стояло указание: «со включением сцен, не предполагаемых к постановке на сцене». Эта помета создавала вдвойне ложное впечатление: казалось, во-первых, будто напечатана вся музыка «Бориса», в том числе и все сцены, не предполагаемые для воплощения на театре, во-вторых, помета эта вроде как говорила о том, что сам автор узаконивал на будущее все купюры, сделанные в спектакле Мариинки, что эти купюры будто бы отвечали его собственным намерениям.

Когда спустя почти четверть века после создания оперы, в 1896 году, был издан клавир оперы под редакцией Н. Римского-Корсакова, появился еще один вариант «Бориса Годунова», отличный от всех предшествующих, так как Римский-Корсаков, редактируя оперу, внес в нее новые изменения, соответствующие его пониманию гармонии и инструментовки, музыкальной формы п самого спектакля. При этом в опере Мусоргского не осталось не исправленным, вероятно, ни одного такта.

В 1908 году Римский-Корсаков повторил свое издание в обновленном виде. От первого оно отличалось тем, что редактор восстановил в опере некоторые ранее исключенные фрагменты. В предисловии к клавиру Римский-Корсаков писал, что в этом его издании «народная музыкальная драма Мусоргского является в полном виде, без каких-либо сокращений».

Римский-Корсаков был чуть ли не свидетелем всего процесса создания оперы, и творческие намерения Мусоргского он знал лучше, чем кто другой. Николай Андреевич прямо писал об этом, и его заявление приобретало особую авторитетность, по действительности оно не соответствовало: ряд сцен и эпизодов «Бориса Годунова» остались неизданными.